Niaouli yağı’nın Anticandidal etkileri (in Silico)

Antifungal Potansiyeli Olan Niaouli Yağı ve Candida albicans: In Silico Analizler

Candida Albicans, mantar enfeksiyonlarına neden olan bir tür olarak bilinir ve özellikle bağışıklık sistemi zayıf olan bireylerde ciddi sağlık sorunlarına yol açabilir. Bu nedenle, Candida Albicans‘a karşı etkili tedavi seçenekleri bulmak önemlidir. Bu çalışmada, Melaleuca Quinquenervia (Niaouli Yağı) esansiyel yağının (MQEO) potansiyel antikandidal etkisi, in silico analizlerle araştırıldı. Araştırmanın hedefi, Niaouli Yağı’nın ana bileşenlerinin Candida Albicans üzerindeki etkilerini ve olası antifungal potansiyellerini değerlendirmekti.

Çalışmanın Hedefleri ve Kullanılan Metodoloji

Çalışmada moleküler yerleştirme analizleri ile MQEO’nun Candida Albicans üzerindeki etkisi incelendi. Hedef proteinler, Candida Albicans‘ta Ergosterol biyosentezini inhibe etmeyi amaçlayan Erg11 (CYP51) (PDB ID: 5V5Z) ve beta-1,3 glukan sentezini inhibe etmeye yönelik Methionine Synthase (PDB ID: 4L61) olarak seçildi. Bu proteinler, Candida Albicans‘ın yapısal bütünlüğünü ve çoğalmasını sağlamak için kritik öneme sahip olduklarından dolayı hedef alındı. Ayrıca, Homo Sapiens Methionine Synthase (PDB ID: 2O2K) de benzer yapıların insan mekanizmalarındaki etkilerini incelemek amacıyla karşılaştırma için dahil edildi.

Ligand Seçimi ve Moleküler Docking Analizleri

MQEO’nun en önemli üç uçucu bileşiği olarak belirlenen Viridiflorol, alfa-Pinene ve Eucalyptol, çalışmanın ligandları olarak seçildi. Her bir ligand, belirlenen hedef proteinlerle ayrı ayrı moleküler yerleştirme prosedürlerine tabi tutuldu ve her bir etkileşim için dokuz farklı afinitasyon sonucu elde edildi. Bu sonuçlar arasında en yüksek afinitasyon puanlarına sahip üç etkileşim, “4L61_Eucalyptol,” “4L61_Viridiflorol” ve “5V5Z_Viridiflorol,” daha ileri araştırmalar için seçildi.

ADMET Analizleri ve Bulgular

En iyi afinitasyon puanlarına sahip etkileşimler, potansiyel terapötik antagonist ajanlar olarak değerlendirildi ve ADMET (Absorpsiyon, Dağılım, Metabolizma, Eliminasyon ve Toksisite) analizleri ile test edildi. Bu testler, ilaç adaylarının farmakokinetik özelliklerini ve güvenlik profillerini değerlendirmek için kullanılır. ‘Boiled Egg’ testi ile yapılan değerlendirmeler, tüm ligandların kan-beyin bariyerini geçebildiğini ve P-Glikoprotein tarafından merkezi sinir sisteminden temizlenemediğini gösterdi. ADMET test sonuçları, en yüksek afinitasyon puanlarına ulaşan Viridiflorol bileşiği de dahil olmak üzere tüm ligandların aktif farmasötik bileşenler olarak kullanıma uygun olmadığını ortaya koydu.

Sonuçlar ve Değerlendirme

Niaouli Yağı’nın Candida Albicans ve benzer özelliklere sahip diğer mikroorganizmalara karşı etkisi, in silico analizlerle incelendiğinde yeterli bir anticandidal aktivite göstermediği belirlendi. Bu sonuçlar, Niaouli Yağı’nın Candida Albicans’a karşı etkin bir antifungal ajan olarak kullanılma potansiyelinin düşük olduğunu gösteriyor. Çalışma, in silico analizlerin önemini ve bu tür çalışmaların, potansiyel antifungal ajanları değerlendirme sürecinde önemli bir araç olduğunu vurgulamaktadır. Ancak, laboratuvar ortamında yapılan in vitro ve in vivo çalışmaların sonuçlarını doğrulamak ve tamamlamak için gereklidir.

Keywords: Candida Albicans, In silico, Molecular Docking, ADMET, Anticandidal.

Anahtar Kelimeler: Candida Albicans, In silico, Moleküler Yerleştirme, ADMET, Antikandidal.

Yazar: Berk Eray ESEN

*Moleküler docking işlemleri AutoDock Vina kullanılarak gerçekleştirilmiştir (Trott & Olson, 2010).
AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. Journal of Computational Chemistry, 31(2), 455-461.
DOI: 10.1002/jcc.21334.

*Sonuç görüntüleme işlemleri BIOVIA Materials Studio 2024 kullanılarak gerçekleştirilmiştir (BIOVIA, Dassault Systèmes, 2024).
Available at: www.3ds.com