Docking

Bir Biyoinformatik yöntemi olan Moleküler Docking, iki farklı molekül arasındaki etkileşimleri belirlemek amacıyla kullanılan bir hesaplama yöntemidir. Genellikle, bir protein ve bir ilaç molekülü arasındaki etkileşimlerin belirlenmesinde kullanılır. Docking yöntemi, iki molekül arasındaki enerjiyi minimize ederek moleküllerin birbirine uygun pozisyonlarını bulmaya çalışır.

Çalışmanıza veya araştırmanıza en uygun protein ve ligand adaylarını tespit ettikten sonra moleküler kenetleme işlemlerini gerçekleştirerek afinite (serbest bağlanma enerjisi) değerlerini elde ediyoruz.

Etkileşimleri daha detaylı incelemek adına proteinlerin yüzey aktif özellikleri baz alınarak görselleştiriyoruz. Yayınlarda kullanılmak üzere kategorize edilmiş ve özel olarak seçilmiş olmak üzere birkaç farklı tür görsel çıktısı elde ediyoruz. Tespit edilen sonuçlar ve alınan çıktıları detaylandırılmış ve açıklanmış bir dosya formatı ile teslim ediyoruz.

İsteğe bağlı olarak tüm sürecin, materyal-metot ve sonuç kısımlarıyla makale formatı şeklinde ve referanslarıyla birlikte yazımını gerçekleştiriyoruz.